Der überwiegende Anteil an Durchfallerkrankungen heilt eigenständig aus. Starke Bauchkrämpfe können Betroffene mit Schmerzmitteln behandeln. Um Angehörige vor einer Ansteckung zu schützen, können sich die Betroffenen zurückziehen, bis die Erkrankung ausgeheilt ist. Handelt es sich um eine bakterielle Entzündung, können auch Antibiotika helfen. Leidet die erkrankte Person unter Übelkeit und Erbrechen, sind nach ärztlicher Absprache auch Medikamente gegen diese Beschwerden möglich. Eine chronische Darmentzündung kann man ebenfalls behandeln, indem man mithilfe einer individuell an den Patienten bzw. die Patientin angepasste Medikamententherapie die Entzündung reduziert und die symptomfreien Phasen verlängert.
Ob und wann ein chirurgischer Eingriff notwendig ist, entscheidet sich von Fall zu Fall. Im Falle einer akuten Divertikulitis können eine Notoperation und Behandlung mit Antibiotika weitere Komplikationen verhindern. Auch bei einer Blinddarmentzündung erfolgt eine minimal-invasive Bauchspiegelung mit Entfernung des Blinddarms. Minimal-invasive Operationen können zudem bei Engstellen, einem Darmverschluss, einem stark erweiterten Dickdarm (toxisches Mega-Colon) sowie bei Fisteln und Abszessen zur Anwendung kommen.
Darüber hinaus ist es möglich, bereits während einer Darmspiegelung zur Diagnose einer Darmentzündung mit der Therapie zu beginnen. Möglich sind z. B. das Aufdehnen von Engstellen, das Stillen von Blutungen sowie das Entfernen von Polypen. Patientinnen und Patienten mit einer chronisch entzündlichen Darmerkrankung sollten zur Krebsvorsorge zusätzlich regelmäßig eine Darmspiegelung durchführen lassen.
Zeigen sich Symptome für eine Darmentzündung nach bestimmten Lebensmitteln, , so kann eine Ernährungsberatung dabei helfen, allergieauslösende Lebensmittel in der Ernährung zu vermeiden.